Prof. Dr. Windeler war von 2004 bis 2010 Stellvertretender Geschäftsführer und Leitender Arzt beim Medizinischen Dienst des Spitzenverbandes Bund der Krankenkassen. Seit 2001 hat er eine außerplanmäßige Professur für Medizinische Biometrie und Klinische Epidemiologie an der Ruhr-Universität Bochum. Seit 1. September 2010 leitet er das IQWiG in Köln.